20 октября 1963 года был образован Малиновский сельский Совет. В состав территории сельского Совета вошли: с. Малиновка (центр сельского Совета), п. Октябрьский, д. Москали, д. Малый Туганчик и поселки, расположенные по линии железной дороги Томск – Асино: 123 км и 129 км. Управленческие функции осуществлял исполнительный комитет сельского Совета.
15 января 1992 года полномочия исполнительного комитета Малиновского сельского Совета были прекращены и его правопреемником стал Глава администрации сельского Совета на основании Постановления № 32 от 15.01.1992.
26 марта 1992 года Малиновский сельский Совет был реорганизован в Малиновскую сельскую администрацию.
18 июня 1997 года на основании Постановления Главы Томского района № 68 от 14.04.1997 года «О реформировании органов местного самоуправления на территории Томского района» был образован Малиновский сельский округ в результате объединения Малиновской и Александровской администраций
Центром сельского округа стало с. Малиновка.
В состав округа вошли населенные пункты: с. Малиновка, п. Молодежный, п. Заречный, д. Москали, д. Малый Туганчик, с. Александровское, д. Ольговка.
01 января 2005 года на основании Закона Томской области № 241 -ОЗ от 12.11.2004 г. “О наделении статусом муниципального района, сельского поселения и установлении границ муниципальных образований на территории Томского района”
В границах Томского района образовано Муниципальное образование «Малиновское сельское поселение» Включающие в себя населенные пункты: с.Малиновка, д.Ольговка, с.Александровское, п.Заречный, д.Москали. п. Молодежный
Административный центр МО – село Малиновка.
01 января 2006 года на основании Постановления Главы Томского района № 232 от 01.11.2005 г. “Об упразднении администраций сельских округов муниципального образования “Томский район” ”
В целях приведения системы органов и должностных лиц Томского района в соответствии с Федеральным законом № 131 – ФЗ от 06.10.2003 г. “Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации”
Администрация Малиновского сельского округа была упразднена, ее правоприеемником стала Администрация муниципального образования “Малиновское сельское поселение
